Considerado por muitos o melhor jogo de estratégia já lançado, Age of Mythology é baseado em construção de cidades, coleta de recursos, pesquisa de tecnologia e criação de exércitos para eliminar civilizações adversárias.
O jogador evolui por quatro idades, cada uma com mais construções, unidades e tecnologias, iniciando na Idade Arcaica, seguindo pelas Idades Clássica, Heróica e Mítica ao construir certas edificações. Há modos de campanha, cenário aleatório e multiplayer para até oito jogadores.
Tudo começa quando um grupo de piratas tenta conquistar Atlântida, sem uma razão específica (que é desvendada mais tarde com o decorrer da história). Após Arkantos revidar a invasão, este vai para a Guerra de Tróia ao lado dos gregos, dentre eles Agamenon, Ájax e Odisseu.
Após ajudar os gregos a vencerem, Arkantos e Ajax conhecem o centauro Chiron, que pede a eles seguirem o ciclope Gargarensis. O grupo o segue até o Erebus, e descobre que o ciclope quer libertar os Titãs de seu exílio no Tártaro.
Após impedirem-no de destruir um dos portões do Erebus, Gargarensis tenta abrir o portão localizado no Egito - Arkantos, Ajax e Chiron seguem-no e conhecem Amanra, uma guerreira Núbia, que une-se a eles, e ajudam-nos a derrotar Gargarensis novamente ressuscitando o deus Osíris.
Gargarensis então decide abrir o portão localizado em Midgard, com a valquíria Reginleif ajudando Arkantos e seu grupo a impedir a abertura dos portões e o ragnarok. Gargarensis retalha prendendo-os em uma vila, tendo de sobreviver a hordas de soldados até a chegada da ajuda de Odisseu.
Neste meio-tempo, Gargarensis partiu atrás do último portão - localizado em Atlântida. Arkantos recebe a ajuda de Zeus para ganhar poderes divinos. Após derrotar uma estátua viva de Posêidon e Gargarensis, Atlântida afunda e Arkantos cai exausto, sendo então imortalizado por Atena, tornando-se um deus.
Existem três civilizações: Grega, Egípcia e Nórdica. Podem-se escolher três "deuses maiores" de cada uma (Zeus, Hades e Poseidon; Ísis, Rá e Set; Odin, Thor e Loki) e ao avançar para o próximo período, escolher deuses menores (dentre eles Afrodite, Bast e Týr), cada um com tecnologias, unidades e poderes divinos únicos que causam efeitos no cenário.
Há quatro recursos utilizados no jogo:
Alimento - Conseguido através da caça, da forragem, do cultivo, da pesca ou do pastoreio; tecnologia e unidades;
Madeira - Recolhida de árvores e usada por gregos e nórdicos para construção;
Ouro - Mineração e comércio que oferece, além de tecnologia, unidades e edificações, a venda de recursos;
Proteção divina - Utilizada para melhorias e unidades místicas, com um limite de 100 pontos de proteção exceto para Zeus, que tem 200. Os gregos a conseguem com aldeões orando em um templo. Os egípcios, construindo monumentos para os deuses, e os nórdicos - é claro - lutando.
Recursos podem ser vendidos ou trocados no mercado.
Ao contrário de Age of Empires e Age of Empires II, Mythology possui uma única campanha, com 32 etapas em que o jogador passa por todas as três civilizações. A campanha, intitulada A Queda do Tridente, segue o general Atlante, Arkantos, passando por alguns mitos reais e outros criados para a campanha.