Tudo começa com o anúncio de que a equipe policial S.T.A.R.S., que foi enviada em uma operação nas Montanhas Arklay, estaria voltando à Raccoon City. Assim que chegam, contam a história dos fatos antes ocorridos a todos. Mas as palavras dos S.T.A.R.S. foram motivo de piada entre os céticos moradores da cidade.

Alguns meses depois (através de ratos infectados) T-vírus, uma toxina mutagênica criada em um experimento para o desenvolvimento de armas biológicas, e desenvolvida pela empresa Umbrella Inc, é levado para a cidade e algumas pessoas começam a sentir dores pelo corpo, principalmente abdominais, que aumentavam a cada minuto. Outras reclamam de falta de coordenação motora e outros estranhos sintomas.

Dias depois, algumas pessoas morrem, "renascendo" como criaturas selvagens com comportamentos canibalistas. A cidade, então, se torna um caos completo, onde boa parte da população havia sido transformada em zumbis e outros monstros disformes, e os únicos grupos sobreviventes se encontravam escondidos, e em pânico.

Enquanto isso, Leon, um policial novato, e Claire, uma motoqueira, chegam na cidade. Percebendo o estranho silêncio nas ruas, Leon é obrigado a parar seu carro quando vê um corpo caído no meio da rua. Preocupado, o policial sai do carro para ver se a vítima ainda estava viva.

Examinando o cadáver Leon não percebe que está sendo vigiado, mas ao ouvir alguns passos, o jovem olha para trás e vê várias pessoas vindo em sua direção. Estranhou o fato de que as pessoas estavam em decomposição, portanto, estariam mortas. Imediatamente, Leon empunha sua arma e ordena que parem onde estão, mas as criaturas não o "ouvem".

Enquanto isso, em outro lugar da cidade, num posto de gasolina, um homem reclama de um ferimento causado por um "maluco" qualquer, saindo em seguida com seu caminhão.

Logo ao chegar, Claire entra em uma lanchonete e, também notando o local deserto, procura por alguém atrás do balcão. É quando vê alguém, mas ao aproximar-se mais, encontra um homem devorando um cadáver. Com o susto, Claire se afasta, mas a criatura vai em sua direção, de repente, a garota se esbarra na parede e, olhando pelas janelas, vê que mais daquelas pessoas estão vindo em direção à lanchonete. Sua única chance de fuga é a porta dos fundos.

Também com problemas, Leon não sabia o que fazer, quando inesperadamente, o cadáver que ele estava examinando agarra seu pé, não havia outro jeito senão atirar. Leon recua cada vez mais, até entrar em um beco, e foi lá que achou estar seguro. O beco não tinha saída, apenas uma porta de ferro.

De repente a porta se abre bruscamente e com um grande reflexo, impedindo que Leon veja mais adiante. Ele empunha a arma e se prepara para atirar quando vê uma mulher, Claire. Assustada, a garota grita: "não atire!", porém ao perceber que vinha outras criaturas atrás dela, Leon rapidamente manda ela se abaixar, e assim, "mata o morto" que a estava perseguindo.

Leon sugere a garota que ambos fossem para a delegacia da cidade, pois lá estariam seguros. Correram em direção à rua, e encontraram uma viatura policial. Após entrarem, o rapaz tenta se comunicar pelo rádio, mas ninguém reponde.

Os dois se apresentam, Leon conta que é seu primeiro dia de trabalho, enquanto Claire está na cidade atrás do seu irmão, Chris. Depois de uma conversa rápida, Leon pede para que ela veja se há algo dentro do porta-luvas do carro, e Claire encontra uma arma, que Leon sugere levá-la consigo.

Minutos mais tarde, um zumbi se levanta no banco de trás da viatura e o veículo fica completamente desgovernado. A viatura se choca com as paredes várias vezes, até bater de frente a uma placa. O zumbi voa pra fora do carro e Leon e Claire percebem que um caminhão desgovernado vem vindo logo atrás deles. Rapidamente os protagonistas pulam do carro um por cada porta e, pouco depois o caminhão bate na viatura causando uma grande explosão, separando Leon e Claire. Os dois combinam de se encontrar na R.P.D.(Raccoon Police Departament, a delegacia). Agora os dois terão de descobrir como saírem vivos da cidade.

Em RE2 o jogador descobrirá como a cidade foi infectada, o que é o T-Vírus e, como William Birkin se transformou em um terrível monstro além de descobrirem que o trabalho em equipe será indispensável para a sobrevivência. Em RE2 existem muitos personagens carismáticos como Sherry, a filha de Willian Birkin, e Ada Wong, uma mulher sexy e misteriosa.

Você deverá enfrentar toda a sorte de mortos-vivos, e sair de Racoon City... Se conseguir sobreviver....